Террорист Тору Сома проходит нелегальную модернизацию кибермозга, позволяющую ему подключаться к сложной технике. Вскоре после этого на квартиру Мотоко Кусанаги совершают вооружённое нападение. Майор успевает укрыться и остаётся жива, однако Девятый отдел понимает, что это было лишь предупреждение.
Кусанаги подозревает Сому — единственного участника террористической группировки, которому удалось пережить проведённую четыре года назад операцию. Тогда в ответ на пытки и убийство своих людей она взломала его кибермозг и заставила Сому случайно застрелить собственного сына. Теперь террорист возвращается, чтобы отомстить.
Арамаки решает использовать майора в качестве приманки. Пока Исикава выясняет прошлое группировки, а Бато проверяет происхождение оружия, Кусанаги вместе с Тогусой отправляется на разведку. Они замечают слежку и заманивают преследователей на территорию заброшенного завода, рассчитывая быстро захватить их и допросить.
Однако вместо обычных боевиков на завод прибывает тяжело вооружённое подразделение с немецким интеллектуальным танком. Машина обладает японской системой управления, мощной бронёй и сверхзвуковыми боеприпасами. Футикома Девятого отдела оказывается выведена из строя, Тогуса получает тяжёлое ранение, а Кусанаги приходится в одиночку сдерживать танк до прибытия подкрепления.
Расследование показывает, что против них действует не подпольная организация, а Первый отдел службы безопасности. Его руководство заключило сделку с Сомой, надеясь с его помощью раскрыть личность таинственного южноамериканского наркобарона по прозвищу Анаконда. Террорис... »»»
Террорист Тору Сома проходит нелегальную модернизацию кибермозга, позволяющую ему подключаться к сложной технике. Вскоре после этого на квартиру Мотоко Кусанаги совершают вооружённое нападение. Майор успевает укрыться и остаётся жива, однако Девятый отдел понимает, что это было лишь предупреждение.
Кусанаги подозревает Сому — единственного участника террористической группировки, которому удалось пережить проведённую четыре года назад операцию. Тогда в ответ на пытки и убийство своих людей она взломала его кибермозг и заставила Сому случайно застрелить собственного сына. Теперь террорист возвращается, чтобы отомстить.
Арамаки решает использовать майора в качестве приманки. Пока Исикава выясняет прошлое группировки, а Бато проверяет происхождение оружия, Кусанаги вместе с Тогусой отправляется на разведку. Они замечают слежку и заманивают преследователей на территорию заброшенного завода, рассчитывая быстро захватить их и допросить.
Однако вместо обычных боевиков на завод прибывает тяжело вооружённое подразделение с немецким интеллектуальным танком. Машина обладает японской системой управления, мощной бронёй и сверхзвуковыми боеприпасами. Футикома Девятого отдела оказывается выведена из строя, Тогуса получает тяжёлое ранение, а Кусанаги приходится в одиночку сдерживать танк до прибытия подкрепления.
Расследование показывает, что против них действует не подпольная организация, а Первый отдел службы безопасности. Его руководство заключило сделку с Сомой, надеясь с его помощью раскрыть личность таинственного южноамериканского наркобарона по прозвищу Анаконда. Террорист пообещал предоставить сведения о преступнике, потребовав взамен позволить ему расправиться с Кусанаги.
План был выгоден всем участникам: Первый отдел рассчитывал арестовать Анаконду, Сома хотел отомстить майору, а наркобарон после разоблачения уничтожил бы клан Бентен, отказавшийся сотрудничать с террористом. Арамаки разоблачает операцию и вынуждает Первый отдел отозвать своих бойцов, но Сома, находящийся внутри танка, отказывается подчиниться.
Начинается жестокий бой. Танк преследует раненую Кусанаги по развалинам завода, разрушая всё на своём пути. Даже сотрудники Первого отдела пытаются остановить Сому, но тот заранее повреждает их ракетницу. В последний момент прибывает Бато с противотанковым оружием, после чего майор окончательно уничтожает машину и убивает террориста.
Позже выясняется, что Сома, вероятнее всего, никогда не знал настоящего имени Анаконды и лишь использовал интерес Первого отдела ради мести. Однако Кусанаги раскрывает, что наркобарон уже был успешно ликвидирован, а её парадная форма предназначалась для встречи с иностранным министром по случаю завершения этой операции.
В финале сообщают, что начальник Первого отдела погиб в автомобильной аварии. Обстоятельства его смерти остаются неясными, но произошедшее выглядит как последствие провалившейся тайной сделки и попытки использовать Сому против Девятого отдела.
