Прошло 4000 лет после того, как землю покинули люди. Вынужденные бороться с пришельцами - Gnosis, человечество создало KOS-MOS - андроида с удивительными способностями. Когда корабль, несущий KOS-MOS оказывается отакованным, KOS-MOS активируется и спасает создателя - Shion Uzuki. Но KOS-MOS не хочет выполнять ее приказы, учитывая, что план неизвестен.